Babası kütüphaneci ve annesi öğretmen olan Allen 1975 yılında Bill Gates ile birlikte Microsoft’u kurdu. İki kurucu da bilgisayarlarla ilgili iş yapmak üzere üniversite eğitimini yarım bırakmıştı. Masaüstü bilgisayarlar şirketin kuruluş döneminde yeniydi ve devasa iş bilgisayarlarından ayırmak için mikro bilgisayar deniyordu. Mikro bilgisayarlara işletim sistemi ve yazılım üretmek için kurulan şirkete Allen’ın önerisi üzerine Micro-soft adı verildi. Allen ve Gates’in 1981 yılında IBM ile yazılım anlaşması yapması iki şirket için de dönüm noktası oldu.

Allen, kişisel bilgisayar devriminin en önemli ateşleyicilerinden olan Microsoft’un günlük işlerinden kanser olunca ve Bill Gates ile arası bozulunca elini çekti. Ancak 2000 yılına kadar şirketin yönetiminde kaldı. Allen’ın hastalığı 2009’da nüksetti.

26 milyar dolar civarında serveti bulunan Allen Microsoft’un günlük işleyişinden çekilince, hayatını hayır işlerine ve sahibi olduğu Amerikan futbolu ve basketbol takımlarına adamıştı. Bilim, teknoloji, eğitim, çevre ve sanata bugüne kadar 2 milyar dolarlık bağış yapan Allen 1988’de NBA takımı Portland Trail
Blazers’ı, 1996’da NFL takımı Seattle Seahawks’u almıştı.